EPFL, kanser araştırmalarını hızlandıracak yeni bir doku atlası geliştirdi.
Dünya’nın En Büyük Doku Atlası
EPFL araştırmacıları, 5,000’den fazla hastadan alınan doku örneklerini bir araya getirerek dünyanın en büyük açık erişim alan proteomik doku görüntüleri koleksiyonunu oluşturdu. “Spora” adı verilen bu kaynak, dokuların nasıl işlediğini ve hastalıkların nasıl geliştiğini anlamak için yapay zeka araştırmalarını hızlandırmayı hedefliyor.
Doku Düzeninin Önemi
Dokulardaki hücrelerin düzeni, hastalıklar hakkında önemli bilgiler sunabilir. Örneğin, bir kanser tümörünü inceleyen doktorlar yalnızca hangi hücrelerin var olduğunu değil, bu hücrelerin nasıl düzenlendiğini ve birbirleriyle nasıl etkileşimde bulunduğunu da gözlemlemek ister. Kanser hücrelerinin çevresindeki bağışıklık hücreleriyle olan etkileşimleri, hastalığın gelişimi veya tedaviye yanıtı hakkında önemli ipuçları sağlayabilir.
Spora’nın Geliştirilmesi
Spora, EPFL’deki Moleküler Tıp Alanında Yapay Zeka Grubu tarafından geliştirilmiştir. Bu koleksiyon, Avrupa Moleküler Biyoloji Laboratuvarı’nın Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü ile iş birliği içinde oluşturulmuştur. Toplamda 13,546 çoklu görüntü ve 5,477 hastadan alınan doku örneklerini içermektedir.
Veri Standardizasyonu ve İşbirliği
İki yıl süren çalışmalar sonucunda, EPFL, Zürih Üniversitesi Hastanesi, Zürih Üniversitesi, Cenevre Üniversitesi Hastaneleri ve Cenevre Üniversitesi’nden bilim insanları, binlerce görüntüyü organize etti, protein tanımlarını standartlaştırdı ve tıbbi bilgileri eşleştirdi. EPFL doktora öğrencisi Benedikt von Querfurth, “Veri toplamak ve uyumlu hale getirmek büyük zaman alıyor, bu da büyük ölçekli yapay zeka geliştirme ve biyolojik keşif için büyük bir engel oluşturuyor,” dedi.
Hedef: Daha İyi Tahminler
Spora koleksiyonu, orijinal çalışmalara ve onların notlarına bağlantılar içeriyor. Ölçülen proteinlerdeki farklılıklar, görüntüleme koşulları ve mevcut klinik bilgiler açıkça görülebiliyor. Bu, araştırmacıların hangi veri setlerinin sorularına uygun olduğunu belirlemelerine yardımcı oluyor.
Gelecek Hedefleri
Spora, şu anda öncelikle kanser araştırmalarına odaklansa da, ekip bunun yanı sıra daha fazla doku, hastalık ve görüntüleme teknolojisini de içermeyi planlıyor. Charlotte Bunne, “Amacımız, binlerce doku örneğinden elde ettiğimiz bilgileri bireysel hastalara yardımcı olacak içgörülere dönüştürmek,” şeklinde konuştu. Ayrıca, bu içgörüleri hastalıkların ilerleyişi ve en etkili tedavi yöntemleri hakkında daha iyi tahminler yapmak için kliniklerle iş birliği içinde kullanmayı hedefliyor.
